Med bioinformatikerne på arbejde: Rigshospitalet overtager 30.000 vævsprøver til genetisk udredning

Plus1. juni 2022 kl. 11:002
Med bioinformatikerne på arbejde: Rigshospitalet overtager 30.000 vævsprøver til genetisk udredning
Bioteknolog Majbritt Busk Madsen og leder af bioinformatiksektionen på Afdeling for Genomisk Medicin, Rigshospitalet, Frederik Otzen Bagger. Illustration: Leo Skytte Znaty.
Skal Nationalt Genom Centers tidsplan overholdes, har Rigshospitalet halvandet år til at sekventere og databehandle tre gange så mange prøver, som det plejer.
Artiklen er ældre end 30 dage

Nationalt Genom Center har kastet håndklædet i ringen og hidkaldt assistance til de planlagte 60.000 genomsekventeringer, som centret kun har leveret en brøkdel af.

Derfor skal Afdeling for Genomisk Medicin på Rigshospitalet i København spille en stor rolle, når det kommer til helgenomsekventering af danskeres arvemasse, som Ingeniøren skrev i sidste uge.

[box]

Gratis adgang i 10 dage

Tegn et gratis prøveabonnement og få adgang til alt PLUS-indhold på Ing, Version2 og Radar, helt uden binding eller betalingsoplysninger.

Få en forlænget erhvervsprøve
Med et erhvervsabonnement kan du få en forlænget prøveperiode.
remove_circle
Har du allerede et PLUS-abonnement eller klip?
close

Velkommen til PLUS

Da du er ved at tilmelde dig en gratis prøve beder vi dig hjælpe os med at gøre vores indhold mere relevant for dig, ved at vælge et eller flere emner der interesserer dig.

Vælg mindst et emne *
Du skal vælge en adgangskode til når du fremover skal logge ind på din brugerkonto.
visibility
remove_circle
Dit medlemskab giver adgang
Som medlem af IDA har du gratis adgang til PLUS-indhold, som en del af dit medlemskab. Fortsæt med MitIDA for at aktivere din adgang til indholdet.
Oplever du problemer med login, så skriv til os på websupport@ing.dk
Abonnementsfordele
vpn_key
Fuld adgang til Ing.dk, Version2 og Radar
Fuld digital adgang til PLUS-indhold på Ing.dk, Version2 og Radar, tilgængeligt på din computer, tablet og mobil.
drafts
Kuraterede nyhedsbreve
Det seneste nye fra branchen, leveret til din indbakke.
thumb_up
Adgang til debatten
Deltag i debatten med andre kloge læsere.
2 kommentarer.  Hop til debatten

Tophistorier

Debatten
Vær med til at skabe en god debat ved at følge vores debatregler.

For at deltage i debatten skal du have en profil med adgang til at læse artiklen. eller opret en bruger.
settingsDebatvisning
2
7. juni 2022 kl. 17:03
Re: Imponerende?!?

Imponerende men det er også frygtelig mange ressoucer (millioner) der bruges på det, og hvad er nytten af denne behandling/forskning. Det er som om ressourcerne er uendelige i sundhesvæsnet.

»Selv om vi finder årsagen, er det dog ikke sikkert, vi kan behandle sygdommen, men det kan alligevel være en hjælp for patienten at vide besked og måske også blive forsikret om, at det ikke er livstruende,...

1
1. juni 2022 kl. 16:24
Imponerende?!?

Når data er klar på Risø, skilles de enkelte prøver fra hinanden, og i løbet af natten begynder en del af analyserne samt kvalitetstjek. Normalt ville en enkelt prøve kræve 30 dages beregninger på en enkelt computer, men fordi man på Risø har mulighed for at foretage beregningerne parallelt, bliver der for nogle trin benyttet hele 50 servere med 40 kerner i hver for hver enkelt prøve, så det hele tager under 40 timer.

Så med 2000 gange mere regnekraft opnår man knap 20 ganges reduktion i køretid?

Ironi kan forekomme, vi er jo danskere, men jeg kan ikke lade vær' med at undre mig:

  1. Har man valgt og implementeret algoritmer rigtigt?
  2. Har man valgt den rigtig hardware?

Det findes IBM systemer (z13, z14, z15 ...) med væsentlig mere cache end x86. Charles E Leiserson (MIT) har udviklet Cilk, som giver bedre parallelisering.